Nachdem Jason Bourne (Matt Damon) erfolglos versucht hat unterzutauchen und seine Freundin Marie vom CIA getötet wurde, macht ihm Maries Bruder Martin (Daniel Brühl) in Paris schwere Vorwürfe. Der Ex-CIA-Agent will Rache und muss, um diese zu verwirklichen, herausfinden wer er wirklich ist. In London will er Kontakt zu dem Journalisten Simon Ross (Paddy Considine) aufnehmen, der an einer Enthüllungsstory über die "Operation Treadstone“ schreibt. Bevor Bourne jedoch die Quellen des Reporters in Erfahrung bringen kann, wird dieser von der CIA erschossen. Währenddessen bereitet der CIA-Abteilungsleiter Noah Vosen (David Strathairn) ein neues Programm namens "Blackbriar“ vor und will Bourne, den er immer noch als große Gefahr sieht, ausschalten lassen. Von Profikillern, CIA-Agenten und Interpol über den halben Erdball verfolgt, versucht Bourne seine eigene Identität zu ergründen und findet in den Agentinnen Nicky Parsons (Julia Stiles) und Pamela Landy (Joan Allen) zwei Verbündete…
